清朝建立后，任用传教士汤若望、南怀仁等人按照西方天文学成果制定新历法，遭到杨光先的激烈反对，写出《辟邪论》等文章加以驳斥，并屡次上书，称汤若望等意图谋反，需要将天主教信徒“人其人，火其书，庐其居”。他提出：“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人。”


后，杨光先被任命为钦天监监副，但他知道自己实际上并不懂得历法，于是上疏请辞。清朝政府结果非但驳斥他的辞职要求，还将其提升为钦天监监正。杨光先被迫上任，只好编纂《不得已》一书以自明心志。杨光先推举吴明烜为钦天监监副，实际负责立法推算，以回回历取代西洋历法。

康熙七年（1668年），鳌拜倒台，清朝朝廷发现杨光先确实无法胜任历法推算，复启用南怀仁。南怀仁遂提出要以实证证明西洋历法的准确度，并在次年的推算比赛中战胜了杨光先、吴明烜。南怀仁更上疏称杨光先为鳌拜党羽，结果杨光先被判处死刑，后被康熙帝赦免回乡，死于路上。